「教育部補助及委辦經費核撥結報作業要點」修正第六點、第九點、第十三點，其中第六點、第十三點（除基準表中工作費、工讀費之修正自100年1月1日生效外）自發布日99年12月14日生效，第九點自100年1月1日生效，其修正如下：

◎第六點增列第八款，並修正第一款所述之「教育部補助及委辦計畫經費編列基準表」：

第八款（本次增列）

（八）本部補助及委辦計畫款項之支用，除零用金限額以下之小額付款得由相關人員墊付外，其餘均應逕付受款人，不得由計畫主持人或機關人員代領轉付。

基準表（修正部分）

1.     人事費支用限制增加「計畫主持人或協同計畫主持人除因執行跨校、跨領域及其他非屬本職職責之計畫，經本部同意者外，原則不予補助相關主持人費」。

2.     訪視費上限調高為4,000元（原為2,500元）並增列半日以2,500元為編列上限。

3.     評鑑費上限調高為6,000元（原為4,000元）並增列半日以4,000元為編列上限。

4.     工作費、工讀費調高為每人每日784元或每小時98元（原為每人每日760元或每小時95元），此修正部分自100年1月1日生效。

5. 國內旅費、短程車資、運費之支用說明二修改為「短程車資應檢據核實報支。凡公民營汽車到達地區，除因急要公務者外，其搭乘計程車之費用，不得報支」。

◎第九點第三款文字修正後，改列為第二款第四目：

４、直轄市、縣（市）政府補助計畫之結餘款未超過新臺幣十萬元者，依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法第十九條第二款規定，無需繳回。

◎第十三點修正後文字：

十三、各受補助及委辦單位對於本部核撥之經費，應加強收支管理作業及建立積極有效之管控機制，本部並得派員抽查辦理情形。